[スポンサーリンク]

一般的な話題

化学構造式描画のスタンダードを学ぼう!【応用編】

[スポンサーリンク]

前回の基本編に引き続き、化学構造式描画の標準ガイドラインをご紹介します。

“Graphical representation standards for chemical structure diagrams (IUPAC Recommendations 2008)”
Brecher, J. Pure Appl. Chem. 2008, 80, 277-410. doi:10.1351/pac200880020277

構造式描画のガイドライン:応用編

応用編は見やすさと言うより、誤解を生まない為の表記指針になります。特に論文上の化学構造式を描く際には、一通りチェックする癖を付けておきましょう。

単結合末端にはラベルを書く

メチル基(CH3またはMe)は落としがちです。無くても意味は通じますが、誤植か否かという混乱を生まない為にも、著者側でちゃんと書いておくのが親切です。

配位結合は単実線で書く

右のような矢印表記は良く見ますが、IUPAC非推奨であることは知っておいて良いと思います。

また多中心配位結合の場合は、実線表記が原則です。非局在π電子も破線ではなく実線での曲線表記が推奨です。

環内二重結合は内側に書く

これも明確に推奨されています。

二重結合2つに挟まれた炭素は明示する

アレンだけなぜか緩くてもいいらしいですが、ちゃんと書く癖を付けておくのがベターだと思います。

原子ラベルの向きに注意

原子団のうち、結合に関与している元素を必ず実線に接続させましょう。逆にすると構造式の意味が変わってしまったり、混乱・誤解を生む元になります。筆者個人がよく見かけるミスも、確かに下の3つかと思います。

立体配置は四面体構造がイメージしやすいように書く

特に右図のヒドロキシル基のような表記は、どの方向に向いているのかが一目でイメージしづらく、誤解を生みやすい典型となります。

マイナス記号にはエンダッシュを使う

単なるハイフンでは短すぎて見にくくなるため、エンダッシュ(en-dash)の使用が推奨されています。

イオン結合はイオンペア間に線を書かない

電荷をもつ化学種を明示しつつ共有結合と区別する意図から、下記の表記が推奨されています。

おわりに

論文中ではこれ以外にも多数の推奨・非推奨事例が、「えっ、こんなことまで?」と思えるほど事細かに取りあげられています。「見やすく安心感のある構造式」をこれまで意識したことがなかった方は、一度ざっと眺めて見てはいかがでしょう。主観ベースではない、国際標準を知ることができる点で有益かと思われます。

※図は冒頭論文より引用・改変しました

関連リンク

Avatar photo

cosine

投稿者の記事一覧

博士(薬学)。Chem-Station副代表。国立大学教員→国研研究員にクラスチェンジ。専門は有機合成化学、触媒化学、医薬化学、ペプチド/タンパク質化学。
関心ある学問領域は三つ。すなわち、世界を創造する化学、世界を拡張させる情報科学、世界を世界たらしめる認知科学。
素晴らしければ何でも良い。どうでも良いことは心底どうでも良い。興味・趣味は様々だが、そのほとんどがメジャー地位を獲得してなさそうなのは仕様。

関連記事

  1. 世界最高速度でCO₂からマルチカーボン化合物を合成~電気エネルギ…
  2. タンパクの「進化分子工学」とは
  3. 青色LEDで駆動する銅触媒クロスカップリング反応
  4. 【誤解してない?】4s軌道はいつも3d軌道より低いわけではない
  5. Z-選択的オレフィンメタセシス
  6. レドックス反応場の論理的設計に向けて:酸化電位ギャップ(ΔEox…
  7. 第4回CSJ化学フェスタに参加してきました!
  8. 日本発化学ジャーナルの行く末は?

注目情報

ピックアップ記事

  1. 最近の有機化学注目論文3
  2. 結晶学分野に女性研究者が多いのは何故か?
  3. 【協業ご検討中の方向け】マイクロ波化学とのコラボレーションの実際
  4. 米ファイザー、感染予防薬のバイキュロンを買収
  5. Reaxys PhD Prize 2020募集中!
  6. 「決断できる人」がしている3つのこと
  7. 深紫外光源の効率を高める新たな透明電極材料
  8. Akzonobelとはどんな会社? 
  9. 第101回―「高分子ナノ構造の精密合成」Rachel O’Reilly教授
  10. 治療応用を目指した生体適合型金属触媒:① 細胞内基質を標的とする戦略

関連商品

ケムステYoutube

ケムステSlack

月別アーカイブ

2019年1月
 123456
78910111213
14151617181920
21222324252627
28293031  

注目情報

最新記事

日本化学連合シンポジウム 「海」- 化学はどこに向かうのか –

日本化学連合では、継続性のあるシリーズ型のシンポジウムの開催を企画していくことに…

【スポットライトリサーチ】汎用金属粉を使ってアンモニアが合成できたはなし

Tshozoです。 今回はおなじみ、東京大学大学院 西林研究室からの研究成果紹介(第652回スポ…

第11回 野依フォーラム若手育成塾

野依フォーラム若手育成塾について野依フォーラム若手育成塾では、国際企業に通用するリーダー…

第12回慶應有機化学若手シンポジウム

概要主催:慶應有機化学若手シンポジウム実行委員会共催:慶應義塾大学理工学部・…

新たな有用活性天然物はどのように見つけてくるのか~新規抗真菌剤mandimycinの発見~

こんにちは!熊葛です.天然物は複雑な構造と有用な活性を有することから多くの化学者を魅了し,創薬に貢献…

創薬懇話会2025 in 大津

日時2025年6月19日(木)~6月20日(金)宿泊型セミナー会場ホテル…

理研の研究者が考える未来のバイオ技術とは?

bergです。昨今、環境問題や資源問題の関心の高まりから人工酵素や微生物を利用した化学合成やバイオテ…

水を含み湿度に応答するラメラ構造ポリマー材料の開発

第651回のスポットライトリサーチは、京都大学大学院工学研究科(大内研究室)の堀池優貴 さんにお願い…

第57回有機金属若手の会 夏の学校

案内:今年度も、有機金属若手の会夏の学校を2泊3日の合宿形式で開催します。有機金…

高用量ビタミンB12がALSに治療効果を発揮する。しかし流通問題も。

2024年11月20日、エーザイ株式会社は、筋萎縮性側索硬化症用剤「ロゼバラミン…

実験器具・用品を試してみたシリーズ

スポットライトリサーチムービー