[スポンサーリンク]

化学者のつぶやき

Reaction Plus:生成物と反応物から反応経路がわかる

[スポンサーリンク]

 

反応経路はどうなっているのだろうか?反応遷移状態の構造は?

 

有機化学者なら、誰しも気にするところです。以前は、分光学的手法などを用いた実験化学的手法により反応経路をサポートすることが一般的でした。近年ではそれらに加え、理論計算によりサポートする論文が増えています。かなり使いやすくなっていますが、初心者にはまだまだ敷居の高い計算化学。興味はあるけれど始められないという人は多いと思います。

冒頭の疑問のように、1つの分子でなく、分子同士が反応する経路やその遷移状態を計算するとなると、ポチッとボタンを押すだけで計算できます!ってことはまだありません。反応の遷移状態を求めるのは計算化学者にとっても経験やいわゆる「勘」が必要な部分になります。

 

そこで登場したのが、HPCシステムズより先頃発売された『Reaction Plus』です。シンプルなインターフェースで、初心者でも高精度な計算化学が行なえます。本記事では、実際に試用した感想をまじえつつReaction Plusの紹介をしたいと思います。

 

Reaction Plusとは?

一言でいってしまえば、遷移状態(TS)構造の最適化ソフトウェアです。反応物と生成物と指定するだけで自動的に反応経路が求まります。ユーザの予想した反応経路がインプットに指定できるため、短時間で自然な反応経路を見つけることができます。

s_react_diagram

 

このReaction Plusの良さは、「シンプル」という一点につきます。もっともよく使われている計算ソフトウェアGaussianと比較しながら、Reaction Plusの良い点や改善して欲しい点を述べます。

 

反応遷移状態の自動探索が可能

Gaussianでは反応遷移状態探索を行なうときは、自分自身で反応遷移状態の構造を予想して計算の初期構造を作成しなければいけません。この作業には、有機化学の知識はもちろんのこと、ある種のテクニックが必要です。また自分の予想が間違っていた場合、予想できない場合などは永久に反応遷移状態を求めることは出来ません。

Reaction Plusでは、NEB法STRING法という理論に基づいて、自動で反応経路を探索してくれます。必要なのは、反応の出発物、生成物の構造だけです。

reaction plusポテンシャル曲面

 

 

詳しくは、こちらのページに書いてありますが、自動反応経路のメカニズムは次のようになっております。

  1. 出発物と生成物を指定すると、その2点が糸でつながれます。(上図の灰色の糸)
  2. その糸には等間隔でビーズが付いており、それぞれ糸と直行する方向へと転がっていきます。(上図の赤色の球)
  3. それぞれのビーズ収束したときの糸の状態が反応経路となります。(上図の黒色の糸)

 

input fileの作成が簡単!

これまでの計算ソフトでは、terminal上でinputファイルを作成することが一般的だったと思います。無機質な文字列と向かい合うのは、熟練者には早くて便利ですが、初心者には大変とっつきにくかったと思います。

Reaction Plusでは、Gauss View上で全ての操作を行なうことが出来ます

reaction plus input

ステップとしては、

1. Gauss view上で出発物、生成物の構造を描く。(〜10分程度)

2. Gauss view上で計算方法を指定する。(1〜2分で終わります。)

3. 計算を投げる

と、こんなにシンプルです。ほとんど文字を打ち込む必要がなく、見やすいインターフェース上で操作を完了できることは非常に大きなメリットと言えます。

詳しい操作は、こちらのページを見てください。

 

計算結果が見やすい

logファイルをGauss Viewで開くだけで、計算結果を確認することが出来ます。各ビーズの構造をコマ送りで見れるため、反応の出発物質から生成物までへの化学反応をパラパラ漫画のような感じで見ることができます。自分の行なっている化学反応を実際にGauss View上でコマ送りで見たときは、大変感動しました。(こちらのページのgif動画をご覧ください。)

 

複雑な計算にも対応

触媒反応や2点が同時に結合を生成するDiels Alder反応など様々な反応に対応しています。

また、熟練者であってもGaussianで求めることが難しい反応があります。特に、複数の点が同時に結合を生成するような反応はGaussianでは求めることが非常に困難であるため、Reaction Plusのような反応経路自動探索ソフトは、このような用途においてその特性を最大限発揮すると考えております。

実際の計算例はこちらのページをご覧ください。

 

改善して欲しい点

実際に試用した感想では、Gaussianに比べて計算速度が遅いというものが多かったです。しかし、これはどの全自動反応経路プログラムにも言えることです。筆者の個人的な意見では、熟練者はGaussianを使った方が早いが、初心者にはReaction Plusをお勧めと言ったところです。

実験に例えるならば、Gaussianに代えてReaction Plusを使うというのは、自分でカラムをかけず、分取条件まで探してくれる全自動カラムを使うと言ったところでしょうか?

 

まずは体験版から

真っ黒の画面だけだったパソコンが、マイクロソフトWindowsが発売され、グラフィカルインターフェイス(GUI)の搭載によりパソコンがマニアな製品から、家電へと変わっていたように、計算化学も化学者が簡単に道具として使えるツールがあれば、より普及すると考えられます。そんな試みがようやく最近増えてきました。今回紹介したReactionPlusもその試みの1つだと思いますし、同社が別途発売しているLinux操作を簡単にするソフトウェア「GaussRun」も同様です。そのため熟練者にはまどろっこしいソフトにみえることもありますが、このような試みが普及の発端となり、一般化していくものです。応援したいと思います。

Reaction Plusに興味のある方は、まずは期限付きの体験版から利用してみてはいかがでしょうか?基本的にアカデミック版はかなり安価で発売しているようです。

お問い合わせはこちら!

 

お問い合わせはこちら : HPCシステムズ(株) 西日本営業所
別途、お問い合わせフォームもあります。

 

Avatar photo

ゼロ

投稿者の記事一覧

女の子。研究所勤務。趣味は読書とハイキング ♪
ハンドルネームは村上龍の「愛と幻想のファシズム」の登場人物にちなんでま〜す。5 分後の世界、ヒュウガ・ウイルスも好き!

関連記事

  1. 有機合成化学協会誌2017年9月号:キラルケイ素・触媒反応・生体…
  2. 転職を成功させる「人たらし」から学ぶ3つのポイント
  3. 電気化学ことはじめ(1) 何が必要なの??
  4. 「幻のイオン」、テトラフェニルアンモニウムの合成を達成!
  5. 三原色発光するシリコン量子ドットフィルム―太陽光、高温、高湿への…
  6. X線分析の基礎知識【X線の性質編】
  7. イミノアルキンと共役ジエンの形式的[4+1]アニュレーションによ…
  8. 電子実験ノートSignals Notebookを紹介します ①

注目情報

ピックアップ記事

  1. 「ドイツ大学論」 ~近代大学の根本思想とは~
  2. 化学結合の常識が変わる可能性!形成や切断よりも「回転」プロセスが実は難しい有機反応
  3. 来年は世界化学年:2011年は”化学の年”!
  4. 建石寿枝 Hisae Tateishi-Karimarta
  5. KISTEC教育講座『中間水コンセプトによるバイオ・医療材料開発』 ~水・生体環境下で優れた機能を発揮させるための材料・表面・デバイス設計~
  6. 専門用語(科学英単語)の発音
  7. ノーベル街道起点
  8. バートン脱カルボキシル化 Barton Decarboxylation
  9. グリチルリチン酸 (glycyrrhizic acid)
  10. アルケンでCatellani反応: 長年解決されなかった副反応を制御した

関連商品

ケムステYoutube

ケムステSlack

月別アーカイブ

2015年7月
 12345
6789101112
13141516171819
20212223242526
2728293031  

注目情報

最新記事

第11回 野依フォーラム若手育成塾

野依フォーラム若手育成塾について野依フォーラム若手育成塾では、国際企業に通用するリーダー…

第12回慶應有機化学若手シンポジウム

概要主催:慶應有機化学若手シンポジウム実行委員会共催:慶應義塾大学理工学部・…

新たな有用活性天然物はどのように見つけてくるのか~新規抗真菌剤mandimycinの発見~

こんにちは!熊葛です.天然物は複雑な構造と有用な活性を有することから多くの化学者を魅了し,創薬に貢献…

創薬懇話会2025 in 大津

日時2025年6月19日(木)~6月20日(金)宿泊型セミナー会場ホテル…

理研の研究者が考える未来のバイオ技術とは?

bergです。昨今、環境問題や資源問題の関心の高まりから人工酵素や微生物を利用した化学合成やバイオテ…

水を含み湿度に応答するラメラ構造ポリマー材料の開発

第651回のスポットライトリサーチは、京都大学大学院工学研究科(大内研究室)の堀池優貴 さんにお願い…

第57回有機金属若手の会 夏の学校

案内:今年度も、有機金属若手の会夏の学校を2泊3日の合宿形式で開催します。有機金…

高用量ビタミンB12がALSに治療効果を発揮する。しかし流通問題も。

2024年11月20日、エーザイ株式会社は、筋萎縮性側索硬化症用剤「ロゼバラミン…

第23回次世代を担う有機化学シンポジウム

「若手研究者が口頭発表する機会や自由闊達にディスカッションする場を増やし、若手の研究活動をエンカレッ…

ペロブスカイト太陽電池開発におけるマテリアルズ・インフォマティクスの活用

持続可能な社会の実現に向けて、太陽電池は太陽光発電における中心的な要素として注目…

実験器具・用品を試してみたシリーズ

スポットライトリサーチムービー